03 / ابزارهای پژوهشی، بیوانفورماتیک و فضای کار علمی
DEVNU Science؛ فضای کار پژوهش علمی
آنلاین — توسعه فعال
یک فضای کار پژوهشی متصل برای حرکت از ژن، پروتئین، واریانت، بیماری یا توالی به شواهد، ساختار سهبعدی، تحلیل و workflow بدون پرش بیهدف بین دیتابیسها.
بازکردن نسخه عمومیDEVNU Science برای پژوهشگری ساخته شده که معمولاً مجبور است بین ابزارهای توالی، دیتابیسهای ژن و پروتئین، نمایشگرهای ساختار، منابع بیماری و فایلهای شخصی رفتوبرگشت کند. محصول مسیر را از چیزی که پژوهشگر در دست دارد شروع میکند، نه از نام ابزار. مجموعه فعلی شامل ۱۲ ابزار علمی، جستوجوی سراسری، workbenchهای ژن و پروتئین، تحلیل توالی و واریانت، نمایش سهبعدی ساختار، مسیرهای زیستی، ابزارهای میکروبیولوژی و workspace دارای پروژه و workflow است.
مشتری / محصولDEVNU Science
حوزهنرمافزار پژوهشی و بیوانفورماتیک
ماهیتمحصول پژوهشی مستقل DEVNU
وظایف ساده و پیچیده پژوهش زیستی بین چندین سایت، API، ابزار محلی و یادداشت جدا پخش میشوند و زمینه پژوهش در این جابهجایی گم میشود.
پژوهشگر باید بتواند یک سؤال زیستی را در یک محیط دنبال کند، منبع هر نتیجه را ببیند و مسیر مفید را به workflow قابل تکرار تبدیل کند.
یک سیستم خوب با محدودیتهای واقعی طراحی میشود.
اهداف
- شروع پژوهش از موجودیت یا داده ورودی بهجای منوی ابزار
- حفظ provenance و لینک منبع برای شواهد بیرونی
- ترکیب تحلیل محلی سریع با دیتابیسهای عمومی معتبر
- ذخیره پروژه، run و workflow برای ادامه و تکرار پژوهش
محدودیتها
- تفاوت مدل داده و محدودیت API بین ارائهدهندگان علمی
- لزوم تفکیک روشن شواهد، پیشبینی و تفسیر
- نیاز به پاسخگویی مناسب برای ابزارهای محاسباتی و نمایش سهبعدی
- حفظ تجربه یکپارچه در کنار ابزارهای local-first و provider-backed
تعریف محصول، معماری اطلاعات، طراحی تجربه پژوهش، توسعه full-stack، اتصال منابع علمی، مدل داده workspace، احراز هویت و استقرار production.
- استراتژی و طراحی محصول
- توسعه پلتفرم پژوهشی
- یکپارچهسازی APIهای علمی
- Workspace و workflow
- استقرار و نگهداری
معماری رابط از intent پژوهشگر شروع شد: «ژن دارم»، «پروتئین دارم»، «واریانت دارم»، «بیماری دارم» یا «توالی دارم». بعد ابزارها و providerها پشت این مسیرها قرار گرفتند تا کاربر مجبور نباشد ترتیب دیتابیسها را از قبل بداند.
- Next.js 16 و React 19 برای app و workspace واحد
- تحلیل local-first برای عملیات قطعی توالی و محاسبات آزمایشگاهی
- اتصال provider-backed به UniProt، Ensembl، NCBI، InterPro، RCSB PDB، AlphaFold DB، Reactome و Open Targets
- PostgreSQL، Drizzle و Better Auth برای داده و هویت workspace
- Mol* برای ساختار سهبعدی و GSAP برای motion رابط بدون دخالت در منطق علمی
- مسیر self-hosted Node پشت Nginx برای نسخه production
تعامل بر اساس جریان کار و مدل محتوا شکل گرفت؛ نه یک قالب آماده.
کد، داده و استقرار یک خروجی واحد هستند.
- معماری محصول بر اساس ژن، پروتئین، واریانت، بیماری، توالی و میکروبیولوژی
- ۱۲ ابزار علمی local-first و provider-backed در یک رابط متصل
- جستوجوی سراسری و workbenchهای ژن، پروتئین و ساختار سهبعدی
- Workspace پژوهشی با پروژه، ذخیره run و workflowهای قابل تکرار
- احراز هویت و داده پایدار با Better Auth، PostgreSQL و Drizzle
- استقرار production با Next.js، Node، PM2 و Nginx
Next.jsReactTypeScriptPostgreSQLDrizzleBetter AuthGSAPNginx
یک فضای کار پژوهشی متصل برای حرکت از ژن، پروتئین، واریانت، بیماری یا توالی به شواهد، ساختار سهبعدی، تحلیل و workflow بدون پرش بیهدف بین دیتابیسها.
- ۱۲ ابزار علمی در یک کاتالوگ و رابط متصل
- شش مسیر ورودی بر اساس intent پژوهشگر
- جستوجوی سراسری و گردش مستقیم بین gene، protein، structure، pathway، variant و disease
- Workspace دارای پروژه و workflow برای نگهداری مسیر پژوهش
- نسخه عمومی فعال روی science.devnu.ir
توسعه و بهبود فعال؛ ابزارها و providerهای علمی بهصورت مرحلهای اضافه و اعتبارسنجی میشوند.
هیچ roadmap یا نتیجهای بدون تأیید صاحب پروژه بهعنوان واقعیت منتشر نمیشود.
مسئله مشابهی دارید؟